Exposé du traitement fiscal des rémunérations des pharmaciens par un avocat à Montpellier

Suite aux différentes mises à jour de la doctrine fiscale et aux récentes décisions du Conseil d’Etat, la fiscalité des rémunérations des fonctions techniques allouées aux associés exploitants qui exercent une profession libérale est enfin clarifiée.

1.       La clarification du statut des associés de SEL

S’alignant sur la jurisprudence du Conseil d’Etat, l’administration considère désormais que la rémunération versée aux associés de SEL au titre de leurs fonctions dites « techniques » qu’ils exercent dans la société est par principe imposable dans la catégorie des bénéfices non commerciaux (BNC).

Il existe toutefois une exception lorsqu’il est apporté la preuve que l’activité est exercée dans les conditions d’une activité salariée, c’est-à-dire qu’il est fait état d’un lien de subordination entre l’associé exerçant et la société. Dans cette situation, les rémunérations seraient imposables selon les règles applicables en matière de traitements et salaires.

Dans un arrêt du 8 avril 2025, le Conseil d’Etat a par ailleurs confirmé cette analyse en rejetant en grande partie les griefs formulés à l’encontre de la nouvelle doctrine publiée.

S’agissant du traitement TVA, l’administration affirme dans le rescrit publié que les rémunérations techniques perçues par les associés de la part de SEL n’entrent pas dans le champ d’application de la TVA. En effet si les SEL ont, en tant que telles, la qualité d’assujetti redevable de la TVA, leurs membres ne sont pas eux-mêmes redevables de la taxe. Aucun changement n’est donc à signaler en matière de TVA.

En ce qui concerne le régime social applicable, la rémunération sera soumise au régime des travailleurs non-salariés (TNS), sauf à caractériser un lien de subordination comme précité.

En synthèse, les rémunérations allouées aux associés des SEL au titre des fonctions techniques doivent être déclarées et imposées selon les règles applicables en matière de BNC. Vous devrez donc, à l’aide de votre expert-comptable, réaliser une déclaration n°2035 (sauf à bénéficier du régime micro-BNC). Enfin, les rémunérations ne sont pas soumises à TVA, sans qu’il y ait besoin de distinguer que l’associé soit une personne physique ou une personne morale.

2.       L’harmonisation du statut des associés de SEL et des associés de sociétés de droit commun exerçant une profession libérale

Certains professionnels libéraux doivent impérativement exercer leur activité au sein d’une SEL, d’autres au contraire peuvent également exercer leur activité au sein d’une société de droit commun. C’est notamment le cas des pharmaciens qui peuvent exercer au sein d’une SARL à la condition que tous les associés soient exploitants.

La doctrine fiscale mise à jour ne vise que le cas des rémunérations allouées aux associés de SEL exerçant une profession libérale sans se prononcer sur le cas des associés de sociétés de droit commun. Il pouvait alors exister une différence de traitement entre les professionnels exerçant sous forme de SEL de ceux exerçant au sein d’une société de droit commun.

La récente décision du Conseil d’Etat tranche la question puisque ce dernier affirme que les rémunérations allouées à un professionnel libéral qui se rattachent à des fonctions techniques sont soumises aux règles applicables en matière de BNC qu’elle que soit la forme juridique de la société : SEL ou société de droit commun.

S’agissant plus précisément du cas des pharmaciens, la Direction de la législation fiscale (DLF) a confirmé que les rémunérations qui leur sont versées sont également imposables dans la catégorie des BNC. Cette position est justifiée dès lors que c’est la société elle-même qui exerce l’activité de nature commerciale d’achat/revente de produits pharmaceutique. Par conséquent, la rémunération de l’activité technique du pharmacien exerçant au sein de la structure est imposable au titre des BNC.

3.       Les frais et les charges des associés

a.      Les frais

Lorsqu’un associé exerce au nom et pour le compte de la société, c’est la structure qui est réputée exercer l’activité libérale. De ce fait, les frais qui sont engagés par l’associé pour les besoins de l’activité et qui donnent lieu à un remboursement de la part de la société ne sont pas considérés comme un élément de rémunération imposable. Corrélativement, ces frais ne sauraient être déduits du BNC de l’associé.

b.      Les charges

L’activité étant exercée par la structure d’exercice, les charges admises en déduction du BNC de l’associé exploitant sont limitées. Seules les charges sociales personnelles obligatoires et facultatives, les frais de déplacement entre le domicile et le lieu d’exercice, ainsi que les frais de repas pris sur le lieu de travail semblent déductibles du BNC de l’associé exploitant. Par hypothèse, les autres frais exposés dans l’intérêt de l’activité sont pris en charge par la société. Ils ne sauraient donc donner lieu qu’à remboursement de frais à l’associé qui les aurait engagés.

En pratique, les charges sociales personnelles devront être facturées à la structure et déclarées comme produits imposables. Ces dernières seront ensuite comptées parmi les charges déductibles du BNC, afin d’assurer une neutralité.

4.       La comptabilisation de la rémunération

D’un point de vue plus technique, il convient de souligner qu’il existe toujours un doute sur les modalités de comptabilisation par la structure d’exercice des rémunérations versées aux associés exerçant au sein de la société. Par un avis du 20 mars 2024, le Conseil national de l’ordre des experts-comptables (CNOEC) s’est prononcé en faveur d’une comptabilisation au débit du poste 651 « rémunération du personnel ». La Direction de la législation fiscale a confirmé qu’elle partageait cette position. Il conviendra d’attendre la confirmation de l’administration notamment au regard des obligations déclaratives qui en découlent pour la structure (déclarations de type DSN ou DAS2).

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